Pour des facilités de maintenance, j'ai décidé de sortir les dossiers themes, public et les plugins du dossier de base de dotclear2. J'ai donc suivi l'excellent tutoriel dans la documentation et tout s'est bien passé. J'ai dû changé les path dans le about:config des différents blogs, de même pour les paths du plugin gallery. Pour ne pas casser les liens sur les fichiers[1] se trouvant dans le dossier public j'ai créer des redirections dans le fichier .htaccess, j'en ai profité pour rediriger également les anciens fichiers se trouvant dans mon DC1, je vais pouvoir effacer son dossier (enfin!). Voici le contenu du .htaccess :
SetEnv PHP_VER 5
Options -MultiViews -Indexes
Redirect permanent /dotclear/rss.php http://www.lombre.net/feed/rss2
Redirect permanent /dotclear/atom.php http://www.lombre.net/feed/atom
#pour ne pas casser les liens de l'ancien DC1
RedirectMatch 301 /dotclear/download/(.*)$ http://www.lombre.net/all-blogs/public/download/$1
RedirectMatch 301 /all-blogs/public/imagesdc1/(.*)$ http://www.lombre.net/all-blogs/public/imagesdc1/$1
#redirection de l'ancien dossier public dans le nouveau en dehors du dossier DC2
RedirectMatch 301 /dotclear2/public/(.*)$ http://www.lombre.net/all-blogs/public/$1
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule (.*) index.php?$1 [L]
Si ça peut servir à d'autres… 
Notes
[1] Cool URIs don't change
: les liens ne doivent jamais changer sinon on casse le web
